智慧校园建设中心设2个行政科级部门：综合办公室、数字技术管理办公室。为提高工作效率，中心内部又设置数智校园发展建设部、网络技术部、教学支持保障部、实验教学部、安全督察部等五个部门。工作职责如下：
综合办公室：
负责中心机要、综合信息服务和办公室日常工作；协调中心党务、纪检、工会、财务、资产、外事等日常工作；负责校园卡（一卡通）组织协调；学校重要会议、重大活动的现场技术支持与保障；协调内外各部门，完成领导交办的其他工作等。
数字技术管理办公室：
负责与学校网络安全和信息化领导小组下设各委员会的沟通协调；负责信息化建设项目制度的起草与实施，开展项目前置评审及全流程管理；推进办公软件正版化工作；开展业务流程治理，统筹协调各业务应用系统的建设，推进“一网通办”工作；负责校园卡（一卡通）日常运行管理、用户服务与推广；负责学校OA系统的建设规划及运维管理服务等。
数智校园发展建设部（内设部门）：
负责制定智慧校园相关建设规划，出台有关管理制度，建立建设标准；负责建设和管理共享数据中心、算力中心、认证中心、消息中心等智慧校园核心业务平台；负责校园卡（一卡通）系统的规划与建设、系统运行保障；负责网络安全和信息化人才队伍建设；负责数据及网络安全的治理工作；负责学校网络安全建设和管理等。
网络技术部（内设部门）：
负责校园网及其公共基础设施建设与运维，保障学校网络和核心机房安全、稳定运行；做好重大活动的网络保障工作等。
教学支持保障部（内设部门）：
负责多媒体教室、智慧教室等教学场所的规划建设、设备维护、技术支持、日常管理以及安全管理工作；学校现代化教学环境的技术研究、设计搭建与运行服务；现代教育技术应用相关培训等。
实验教学部（内设部门）：
负责实验室的规划建设、设备维护、技术支持、日常管理以及安全管理工作；组织统筹实验教学示范中心及相关项目的申报与建设；负责实验教学业务综合管理工作；承接社会培训及国家级、省级考试等。
安全督察部（内设部门）：
制定安全管理制度，开展安全教育和培训，组织安全检查和评估，督促落实安全保障措施，处理安全事故等。